У Одељењу за унутрашњу контролу обављају се послови унутрашње контроле рада одељења тржишне инспекције и тржишних инспектора; контролу поступања по процедурама и листама провера; предлагање и доношење мера за отклањање неправилности у раду инспектора и одељења; непосредни инспекцијски надзор из надлежности тржишне инспекције ради провере навода из пријава и притужби на рад инспектора и одељења; провере и обрада навода иницијатива за покретање дисциплинског поступка; сачињавање извештаја, анализа извештаја и предлога плана унутрашњих контрола; пружање стручне помоћи овлашћеним представницима подносиоца захтева за претрес пред судом за прекршаје; обрада предмета за Државно правобранилаштво у поступцима који су покренути од стране тржишних инспектора; припрема предлога ставова и мишљења о нацртима прописа; подношење извештаја и информација о стању у областима из делокруга рада Одељења.