U Odeljenju za unutrašnju kontrolu obavljaju se poslovi unutrašnje kontrole rada odeljenja tržišne inspekcije i tržišnih inspektora; kontrolu postupanja po procedurama i listama provera; predlaganje i donošenje mera za otklanjanje nepravilnosti u radu inspektora i odeljenja; neposredni inspekcijski nadzor iz nadležnosti tržišne inspekcije radi provere navoda iz prijava i pritužbi na rad inspektora i odeljenja; provere i obrada navoda inicijativa za pokretanje disciplinskog postupka; sačinjavanje izveštaja, analiza izveštaja i predloga plana unutrašnjih kontrola; pružanje stručne pomoći ovlašćenim predstavnicima podnosioca zahteva za pretres pred sudom za prekršaje; obrada predmeta za Državno pravobranilaštvo u postupcima koji su pokrenuti od strane tržišnih inspektora; priprema predloga stavova i mišljenja o nacrtima propisa; podnošenje izveštaja i informacija o stanju u oblastima iz delokruga rada Odeljenja.